Оценка эффективности методов выделения ДНК из образцов ушных выщипов овец для полногеномного секвенирования

Аннотация

Введение и цель. Полногеномное секвенирование (WGS) — сильный инструмент для изучения генетической структуры популяций сельскохозяйственных животных. Эффективность применения WGS во многом определяется качеством исходной геномной ДНК. Ушные метки овец, полученные в полевых условиях, являются удобным источником биоматериала; однако высокая плотность соединительной ткани в них затрудняет выделение ДНК. Целью данного исследования было сравнение метода STAB и коммерческого набора PureLink Genomic DNA Kit для выделения ДНК из ушных выщипов казахских курдючных грубошерстных и полугрубошерстных овец.

Материалы и методы. Исследование проводилось в два этапа. На первом этапе использовался лизисный буфер STAB, а на втором — коммерческий набор PureLink Genomic DNA Kit (Thermo Fisher Scientific). Контроль качества проводился с помощью спектрофотометра NanoDrop2000 и гель-электрофореза.

Результаты. Средняя концентрация ДНК, выделенной методом CTAB, составила 293 нг/мкл, а соотношение A260/280 варьировалось от 1,70 до 1,86 (среднее значение 1,78 ± 0,04), что указывает на гетерогенную чистоту. Набор PureLink продемонстрировал стабильно высокое качество: концентрация 350,2 ± 96,9 нг/мкл, A260/280 1,86 ± 0,01 и A260/230 2,13 ± 0,08.

Заключение. Коммерческий набор PureLink Genomic DNA Kit рекомендуется для выделения ДНК из ушных выщипов овец, поскольку он обеспечивает стабильные количественные и качественные данные, соответствующие требованиям полногеномного секвенирования.