МИКРОБИОМ СЛИЗИСТОЙ ОБОЛОЧКИ НОСОВОЙ ПОЛОСТИ ЖЕРЕБЕНКА
Ключевые слова:
микробиом, секвенирование, Illumina MiSeq, NGS, ген 16S rRNA, ДНК, таксон, микрофлора.Аннотация
В статье представлены результаты исследований микробиома носовой полости жеребенка. Микробиом регулирует многие жизненно важные процессы организма. Его изучение необходимо для детального понимания процессов, происходящих между микроорганизмами, населяющими определенный орган, и их взаимосвязью с клетками организма. Традиционно микробная популяция изучается посредством техники культивирования, проведения физико-химических и биохимических тестов. Данные методы трудоемки, занимают много времени, требуют предварительных знаний об интересующих микроорганизмах для их выделения из сообщества, а также не так точны, как идентификация генотипическими методами.
Всестороннее изучение состава микробиома отдельных органов и тканей организмов стало возможно с появлением новых молекулярно-генетических методов, в частности NGS-секвенирования следующего поколения (Next Generation Sequencing). С помощью новой технологии NGS-секвенирования на платформе MiSeq Illumina был проведен анализ ДНК, полученной непосредственно из смыва, без стадии культивирования на питательных средах. Была проведена генетическая идентификация всех присутствующих бактерий, в том числе и некультивируемых форм. Генетический анализ показал, что микробиома носа жеребца состояла из следующего типа: Firmicutes (73,42%), актинобактерии (8,36%), протеобактерии (8,33%), цианобактерии (6,69%), бактероидеты (1,55 %%) и фузобактерии (0,75 %). Доминирующими видами в сообществе были Lactobacillus equi (12,09%). Изучение микробного сообщества органов и тканей животных поможет понять механизм их взаимодействия между собой и макроорганизмом, нормальным и патологическим. Знание этих процессов будет полезно при разработке лекарств для лечения и профилактики болезней животных
