ПРОТОКОЛ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ИЗОЛЯТОВ RABIES VIRUS

бешенство; ПЦР; секвенирование; филогенетическое дерево; штамм; изолят; генотип.

Аннотация

Цель данной работы - описание протокола полногеномного секвенирования клинических образцов РНК Rabies lyssavirus на платформе Illumina MiSeq. Ранее, генотипирование вируса бешенства, циркулирующего на территории Казахстана, проводилось на основе последовательности гена нуклеопротеина (N ген). В данной работе описывается способ секвенирования и генотипирования полногеномных последовательностей местных изолятов вируса бешенства. В протоколе описываются методы пробоподготовки, секвенирования и генотипирования применяемые в настоящее время для эпидемиологического анализа не только Rabies lyssavirus, но и для других вирусных возбудителей, таких как SARS-CoV-2, Influenza и других. В итоге, были получены консенсусные последовательности геномов 5 изолятов Rabies lyssavirus отобранных в Атырауской области. Проведён филогенетический анализ и присвоены генотипы. Все изоляты принадлежат кладе – Cosmopolitan CA1. Исследуемые изоляты формируют единый кластер с филогенетически близкими изолятами из Западной России: Нижегородской области, Воронежской области, Липетской области, Владимирской области, Самарской области.