ПРОТОКОЛ ПОЛНОГЕНОМНОГО СЕКВЕНИРОВАНИЯ И ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ИЗОЛЯТОВ RABIES VIRUS

бешенство; ПЦР; секвенирование; филогенетическое дерево; штамм; изолят; генотип.

Авторы

  • Есембекова Г. Н. Казахский агротехнический университет им. С. Сейфуллина
  • Амиргазин А. О. Национальный центр биотехнологии
  • Шевцов А. Б. Национальный центр биотехнологии
  • Абенова А. Ж. Казахский агротехнический университет им. С. Сейфуллина
  • Кабжанова А. М. Казахский агротехнический университет им. С. Сейфуллина
  • Абдрахманов С. К. Казахский агротехнический университет им. С. Сейфуллина

DOI:

https://doi.org/10.51452/kazatu.2022.4.1194

Ключевые слова:

бешенство; ПЦР; секвенирование; филогенетическое дерево; штамм; изолят; генотип.

Аннотация

Цель данной работы - описание протокола полногеномного секвенирования клинических образцов РНК Rabies lyssavirus на платформе Illumina MiSeq. Ранее, генотипирование вируса бешенства, циркулирующего на территории Казахстана, проводилось на основе последовательности гена нуклеопротеина (N ген). В данной работе описывается способ секвенирования и генотипирования полногеномных последовательностей местных изолятов вируса бешенства. В протоколе описываются методы пробоподготовки, секвенирования и генотипирования применяемые в настоящее время для эпидемиологического анализа не только Rabies lyssavirus, но и для других вирусных возбудителей, таких как SARS-CoV-2, Influenza и других. В итоге, были получены консенсусные последовательности геномов 5 изолятов Rabies lyssavirus отобранных в Атырауской области. Проведён филогенетический анализ и присвоены генотипы. Все изоляты принадлежат кладе – Cosmopolitan CA1. Исследуемые изоляты формируют единый кластер с филогенетически близкими изолятами из Западной России: Нижегородской области, Воронежской области, Липетской области, Владимирской области, Самарской области.

Загрузки

Опубликован

2022-12-21