Оценка эффективности выделения и качества ДНК у гаммарусов Gammarus spp. (Crustacea: Amphipoda) из различных водоёмов Казахстана

Аннотация

Предпосылки и цель. Амфиподы рода Gammarus широко распространены в пресноводных экосистемах Северного полушария и часто используются в качестве модельных организмов в экологических, токсикологических и молекулярных исследованиях. Однако морфологическая идентификация гаммарусов затруднена из-за высокой степени внутривидовой изменчивости и наличия криптических видов. Это делает молекулярные подходы, основанные на анализе митохондриальной ДНК (например, гена COI), особенно важными для таксономической верификации и оценки биоразнообразия. Цель настоящей работы - оценить эффективность выделения ДНК и её качества у гаммарусов (Gammarus spp.) из различных водоёмов Казахстана, а также протестировать воспроизводимость амплификации гена COI методом ПЦР для последующей генетической идентификации образцов.

 Материалы и методы. В ходе работы были собраны образцы гаммарусов (Gammarus spp.) из различных пресноводных водоёмов северного, южного и восточного Казахстана. Целью исследования явилась оценка качества и количества выделенной ДНК, а также воспроизводимости амплификации фрагмента митохондриального гена. Методика экстракции была адаптирована с учётом специфики тканей амфипод.

Результаты. Полученные образцы ДНК демонстрировали удовлетворительные показатели чистоты и концентрации, обеспечившие успешную ПЦР-амплификацию. Во всех пробах наблюдались удовлетворительные показатели чистоты ДНК, со значениями A260/A280 в диапазоне от 1,69 до 2,00, что указывает на отсутствие значительных белковых примесей. Концентрация нуклеиновых кислот варьировала от 191,6 до 232,0 нг/мкл, что соответствует требованиям для последующей ПЦР-амплификации. Результаты подтверждают применимость разработанного подхода для последующего молекулярно-генетического анализа и идентификации гаммарусов в водоемах Казахстана.

 Заключение. Проведённое исследование позволило оптимизировать методику экстракции ДНК из гаммарусов, собранных в пресноводных водоёмах Казахстана, обеспечив удовлетворительные показатели чистоты и концентрации ДНК, подходящей для ПЦР-амплификации, с успешной визуализацией амплифицированного фрагмента гена COI на агарозном геле, что создаёт основу для дальнейших популяционно-генетических исследований амфипод в регионе.